Zaman pertengahan era Jepun telah digubal oleh pejuang yang dikenali sebagai 'samurai'. Pada 1185,general Minamoto no Yoritomo adalah orang pertama untuk memecahkan tradisi memerintah sehaluan dengan Maharaja di Kyoto, memegang kuasa di Kamakura, di selatan Yokohama masa kini. Meskipun era shogun Kamakura kelihatan stabil, Jepun kemudiannya berpecah menjadi negeri-negeri yang saling berperang lalu menderita dalam Zaman Sengoku.

Pada abad ke-16, pedagang dan mubaligh Eropah tiba di Jepun buat julung kalinya, lalu memulakan zaman "Nanban" ("orang gasar selatan") yang melihatkan pertukaran perdagangan dan budaya yang aktif antara Jepun dan rantau Barat. Pada masa yang sama, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi, dan Tokugawa Ieyasu, mengenakan kawalan yang makin kuat terhadap neger-negeri berperang di Jepun. Akhirnya, Tokugawa menyatukan semula Jepun dengan menewaskan musuhnya di Pertempuran Sekigahara pada tahun 1600, memindahkan ibu negara ke Edo (sekarang Tokyo) lalu menubuhkan era shogun Tokugawa.

Pemerintah-pemerintah Tokugawa yang sangsi dengan pengaruh mubaligh Katolik mengharamkan segala perhubungan dengan orang Eropah kecuali bagi perhubungan yang amat terbatas dengan saudagar Belanda di Pulau Dejima. Zaman pengasingan ini bertahan selama dua setengah abad, ketika mengalami perpaduan politik yang halus dikenali sebagai zaman Edo, dianggap sebagai kemuncak budaya zaman pertengahan Jepun.